时逢真定白莲狱,株连千余人。监察御史丁惟宁巡察时,逐一复查案卷,辨明实属当地官员上下勾结,公报私仇,诬良为盗,虚报政绩,制造的一起大冤案,他深为痛心,当机立断,悉为宽释,从监狱里把这千余人放出来。又按律惩治了有关官员。
部中巨珰(宦官)冯保,“倨甚”,非常傲慢无礼,“讽巡抚表其闾”,他吩咐丁惟宁在他的故里,用公款为其建筑牌坊,炫耀自己,丁惟宁“执不可”,没有听从。
时张居正柄国,执掌明廷大权,诸路使者多望风希旨,很多地方官员都去送厚礼,仰其鼻息,走他的门子。丁惟宁无所禀受,除了正常的工作接触,素不取媚于他,没有其他溜须之为。张居正对其滋生了不悦之感。
有一地方上的大土豪,是京城内权臣、相国张居正的亲戚,这大土豪在乡里横行霸道、持势稔恶。丁惟宁巡察至此,就有数百人来告状申冤。丁惟宁决定要认真审理此案,为民伸冤。他先以主客礼致土豪,为稳住土豪,他把土豪依礼请来察院,先晓之以理,奉劝土豪收敛一些,但土豪仗着有京城权臣张居正的袒护,根本不把丁惟宁放在眼里,拒不承认自己所犯的滔天罪行。丁惟宁大怒,将此土豪带之公堂,又让土豪与告状人对质。土豪看到丁惟宁动真的了,害怕了,最终土豪服了,请求丁惟宁看在京城太师张居正的面子上,饶恕他。丁惟宁不应,并按照当时法律,将这土豪斩首示众,因而得罪了张居正,张居正借故将丁惟宁免职,令其搬离京城,返回原籍。
时隆庆六年壬申(1572年),丁惟宁刚30岁。至此,丁惟宁与原配夫人纪氏孺人,结婚已十余年,虽感情很好,但纪氏一直没有生育。为后嗣之计,纪氏劝丁惟宁纳妾,娶一侧室,并亲手安排,为其纳安丘徐氏。
明神宗万历元年癸酉(1573年),丁惟宁31岁,张居正败,皇上起用丁惟宁,出任河南佥事。
是年,丁惟宁长子丁耀斗出生。丁惟宁毅然辞别爱妻骄子,立即启程赴任。
当时河南巩县苦于河患,黄河连年灾害,把人民害苦了。丁惟宁实地勘察,按照自然水势,规划了水的流向,组织民工科学地挖渠改道,修补岸堤,移动了一些低洼地的乡民,使民人少受河灾,安于生产。
河南有私凿矿于山者,触犯了国家法律,巡逻的兵卒,处理的过急,一下子激发了一部分人的愤怒,于是,坏人也乘机挑拨造谣,鼓动不明真相的民人作乱。丁惟宁先安抚了大部分民人的情绪,让民人先安心回家。他又以计擒住首祸数人,先列举了他们的罪行,将首恶严厉地进行打击,余则传示而解,不再追究。
万历三年乙亥(1575年),丁惟宁33岁,徐氏生次子丁耀昴。
万历四年丙子六月六日(1576年),丁惟宁34岁,父亲丁纯病故。根据惯例,丁惟宁又辞官回家奔丧,守墓尽孝,“外艰归”。
万历七年己卯(1579年),丁惟宁37岁,又纳诸城仪氏。
张居正已败,皇上重用能臣丁惟宁,任命丁惟宁为陇右兵备佥事。
不久,皇帝又调丁惟宁任江西参仪。
长期的奔波劳累,丁惟宁扛不住了,他一病不起,只好向朝廷请假病归家医治疗养。
万历十四年丙戌(1586年),丁惟宁44岁,朝廷命他督饷陕西,他的病尚未完好,但仍强打精神,接受任命赴陕西。
很快,皇上又授丁惟宁为郧襄兵备副使。郧襄,广袤数千里,宗藩岳祠多无名,但都要设官管理,因而人员杂乱,人浮于事,浪费极大,人民怨声载道,纷纷请求,裁员缩减,加强管理。