郧阳巡抚李材命令丁惟宁去处理此事。丁惟宁得到上司的指派,遂依照民意,将其人浮于事者,节裁过半,安抚了民怨。
当时,郧阳巡抚李材,虽身居高职,却不务正业,他好讲学,想过过当老师的瘾,于是,就派遣手下的兵卒,给他当学生,他就煞有其事装神弄鬼,讲起学来。要讲学,没有像样的场所,他又挪用郧阳兵饷,改参将公署为讲学书院。同时,李材自己也生活奢侈,挥霍无度,驱使士兵如牲口。
参将米万春,也是不搞军事训练,整天欺压部下,毒打兵卒。
哪里有压迫,哪里就有反抗,终于,激起兵变。兵卒大噪,急趋军门,聚众造反,气势汹汹,乱兵冲向军门,围住抚院,一时,兵卒乱纷纷,声言要杀掉巡抚参将。
丁惟宁事前曾劝阻之,他谏曰:“讲学当在黉宫(学校),不然,即中丞署,署隘,相宜而恢之。郧兵素骄,必镇署,恐召侮也。”但李材不听。现在事发,李材慌了神,一时之间无了主意,急请参将米万春,商讨如何制止兵乱。参将米万春急忙推荐丁惟宁,说,只有让丁惟宁去处理,才能制止这场骚乱。
巡抚李材急请丁惟宁去安抚乱兵。
为稳定大局,丁惟宁临危不惧,大义凛然,单身一人,奔赴乱兵之营地,“驰往开谕”,乱兵一看当官的来了,乱中有人欲加刃杀害丁惟宁,认识丁惟宁的乱兵忙阻止,说:“这是丁公也!不是那些贪官杂种!”于是,丁惟宁趁势劝慰乱兵,他动之以情,晓之以理,苦口婆心,费尽口舌,经过两天的斗智斗勇,劝解安抚,总算制止了这场大乱。
可谁知巡抚李材不但不感恩加奖,反而在参将米万春的蛊惑下,嫁祸于人,他上疏朝廷,说是因丁惟宁而激起的兵变,将罪责全推给了丁惟宁。昏庸无能的明万历皇上,不辩黑白,竟将丁惟宁贬官三级,调湖广臬副(负责一省司法),后又补官凤翔,起副晋藩。
时万历十五年丁亥(1587年),丁惟宁45岁。
这年七月二十六日,丁惟宁的第三个儿子丁耀翼出生。
十一月,丁惟宁看到明末官场上的尔虞我诈,勾心斗角,遂心灰意冷,于是托病不就,退职还家,永不做官。
丁惟宁性节俭,不喜欢文绣珍玩,服浣布衣,出入轻车简从。他治家很严,经常召集家人开会议事,俨然如坐公庭。三次担任要职,但每次回家,随带行李,仅图书衣被而已,别无长物。他寡交游,这次以监察御史之身份告老还乡,仍不张扬,县令郡侯终年不得一面。
他辞官回家后,以前的下属派人送八百金给他,他大惊不受。公人说:这是按照官场上的惯例所送,你应该接受,否则,不利于后来者。丁惟宁说:我已辞官,回家务农,身无官职而受俸禄,这算怎么回事?不行!不行!你带回去吧,转告新任长官,将此款安置灾民吧。他坚辞不受。
万历十七年己丑(1589年),丁惟宁47岁,仪氏生丁惟宁的四子丁耀箕。
丁惟宁自盖草房,西园种韭数十畦,收割后除自食,也拿到市场上去卖数十文,用以自给。有人嘲笑他,你辞千金不受,而求利于几畦韭菜,有什么意思?他说:彼千斤官银,非吾所有,冒昧留下,于心何忍?吾圃蔬,乃自食其力,则心安理得!乡人皆叹服而敬之。
丁惟宁退归乡里后,“性好山水,游九仙山乐之”,经常去九仙山,有时一住就是多天,流连忘返。
万历二十三年乙未(1595年),丁惟宁53岁。新任诸城知县颜悦道到任。亲自登门拜访丁惟宁,寻求治理县政之道,看到丁惟宁的房子破败不堪,劝其翻修。
丁惟宁以朴素传家,虽做过高官,但仍耐得贫苦,安居草房。草房年久失修,不避风雨,不得已,只好翻盖居室。动工后,起堂稍高,已架上梁了,他看到了,心里不悦,马上同匠人商量,要再低一点,不要奢华,他说:“太豪华了,无示子孙侈也!”
万历二十六年戊戌(1598年),丁惟宁56岁。知县颜悦道在琅琊台初置海神庙。庙成,邀请丁惟宁等来游。丁惟宁应邀并做《颜明府招游琅琊台海神庙》诗四首以纪。此诗被收入明万历《诸城县志》。
游琅琊台海神庙时,认识了日照县儒学训导田公。田训导是登州黄县人,以明经授日照司训。因为共同的儒学爱好,丁惟宁与田公相见恨晚,日夜联席交谈。田公生有一女,刚十六岁,同样爱好儒学,她见丁惟宁学问渊博,顿生爱意,一见钟情。田公也顺水推舟,促成了这一忘年之交,老少恋情。此时,原配夫人纪氏已故,丁惟宁立即迎娶田氏,田氏是继胶州纪氏后的正式继娶夫人。