丁耀亢是山东诸城人，其先祖居海州。据他在《述先德谱序》文中曰：“明初有丁普郎者，以军功从洪武，封于武昌，其子孙以百户世荫食屯于淮之海州卫。”说明其先祖曾被明太祖封在海州当百户。丁耀亢所述海州卫与史实稍有出入，明代海州没有设卫，只有两个千户所：守御海州中前千户所、守御东海千户所，受淮安卫辖制。丁耀亢始祖丁兴是守御海州中前千户所的百户，这就说明丁氏世受明朝国恩。
    丁耀亢生活于明季，亲身遭受战乱离苦，对满清王朝不会有好感。关于他的反清思想，任日新在《诸城五大家族简介》文中说：“丁家为明朝仕族，明亡之际，丁氏子侄被害者二人，被伤者一人，家产荡尽。清初丁耀亢曾被捕，幸而放还。种种遭遇，吏加激起了他对清王朝的不满，隐居于山村著书写诗，与友人放浪山水间，以发泄其不满，如在一幅《行乐图》画卷中自题，文曰：‘咄！尔是何人？秃顶无巾，皓眉长髯，松石为邻，桃花夹岸，悠然神怡，横琴啜茗，悟彻天真，烟霞十亩，坐听山水涔涔。噫嘻！汝岂无怀氏之民，抑葛天氏之民。’（无怀氏与葛天氏为古代两个部落名称，该意为‘你到底是哪个氏族的民人？’影射自己是明朝人还是清朝人）。”（载《诸城文史资料》第十四辑）这当然是确凿无疑的。
    但丁耀亢对明末黑暗腐朽的统治同样是不满的。这一点从他没有跟随大官僚、大地主们逃往南京，投奔南明小朝廷，而是留在海州云台山隐居，便是有证。他知道“南风不竟，四镇终不掉也”。（见丁耀亢《出劫纪略·航海出劫始末》）对四镇军阀的跋扈、南明的短命有清醒的认识。另外，他在自己的书中提到清朝时，均写作大清，也说明他认同清朝统治的态度。在《出劫纪略》中提到南明弘光朝时，他写作“明藩改元弘光”，只承认弘光是个藩王，与清朝的看法如出一辙。这些都说明他对晚明黑暗的政治现实已彻底绝望，在他看来，明朝气数已尽，希望有一个新兴政权能够掌握局面，让老百姓过上安定日子。
    丁耀亢既不满晚明黑暗统治，又富于民族气节，不甘心做满人的奴仆。他接受刘泽清委任，一改隐士面貌，出任纪监司理一职，分明想在反清斗争中有所作为，为明军北伐出力。而当刘泽清、王遵坦投降清朝后，他没有随王遵坦去庙湾谒见清朝豫王，谋个官职，而是带老母离开海州云台山，回老家诸城，又表明了他不与清朝合作的政治态度。
    在明季那个天崩地陷的大变局，人们的思想是复杂的，丁耀亢则更是如此。