时逢真定白莲狱，株连千余人。监察御史丁惟宁巡察时，逐一复查案卷，辨明实属当地官员上下勾结，公报私仇，诬良为盗，虚报政绩，制造的一起大冤案，他深为痛心，当机立断，悉为宽释，从监狱里把这千余人放出来。又按律惩治了有关官员。
　　部中巨珰（宦官）冯保，“倨甚”，非常傲慢无礼，“讽巡抚表其闾”，他吩咐丁惟宁在他的故里，用公款为其建筑牌坊，炫耀自己，丁惟宁“执不可”，没有听从。
　　时张居正柄国，执掌明廷大权，诸路使者多望风希旨，很多地方官员都去送厚礼，仰其鼻息，走他的门子。丁惟宁无所禀受，除了正常的工作接触，素不取媚于他，没有其他溜须之为。张居正对其滋生了不悦之感。
　　有一地方上的大土豪，是京城内权臣、相国张居正的亲戚，这大土豪在乡里横行霸道、持势稔恶。丁惟宁巡察至此，就有数百人来告状申冤。丁惟宁决定要认真审理此案，为民伸冤。他先以主客礼致土豪，为稳住土豪，他把土豪依礼请来察院，先晓之以理，奉劝土豪收敛一些，但土豪仗着有京城权臣张居正的袒护，根本不把丁惟宁放在眼里，拒不承认自己所犯的滔天罪行。丁惟宁大怒，将此土豪带之公堂，又让土豪与告状人对质。土豪看到丁惟宁动真的了，害怕了，最终土豪服了，请求丁惟宁看在京城太师张居正的面子上，饶恕他。丁惟宁不应，并按照当时法律，将这土豪斩首示众，因而得罪了张居正，张居正借故将丁惟宁免职，令其搬离京城，返回原籍。
　　时隆庆六年壬申（1572年），丁惟宁刚30岁。至此，丁惟宁与原配夫人纪氏孺人，结婚已十余年，虽感情很好，但纪氏一直没有生育。为后嗣之计，纪氏劝丁惟宁纳妾，娶一侧室，并亲手安排，为其纳安丘徐氏。
　　明神宗万历元年癸酉（1573年），丁惟宁31岁，张居正败，皇上起用丁惟宁，出任河南佥事。
　　是年，丁惟宁长子丁耀斗出生。丁惟宁毅然辞别爱妻骄子，立即启程赴任。
　　当时河南巩县苦于河患，黄河连年灾害，把人民害苦了。丁惟宁实地勘察，按照自然水势，规划了水的流向，组织民工科学地挖渠改道，修补岸堤，移动了一些低洼地的乡民，使民人少受河灾，安于生产。
　　河南有私凿矿于山者，触犯了国家法律，巡逻的兵卒，处理的过急，一下子激发了一部分人的愤怒，于是，坏人也乘机挑拨造谣，鼓动不明真相的民人作乱。丁惟宁先安抚了大部分民人的情绪，让民人先安心回家。他又以计擒住首祸数人，先列举了他们的罪行，将首恶严厉地进行打击，余则传示而解，不再追究。
　　万历三年乙亥（1575年），丁惟宁33岁，徐氏生次子丁耀昴。
　　万历四年丙子六月六日（1576年），丁惟宁34岁，父亲丁纯病故。根据惯例，丁惟宁又辞官回家奔丧，守墓尽孝，“外艰归”。
　　万历七年己卯（1579年），丁惟宁37岁，又纳诸城仪氏。
　　张居正已败，皇上重用能臣丁惟宁，任命丁惟宁为陇右兵备佥事。
　　不久，皇帝又调丁惟宁任江西参仪。
　　长期的奔波劳累，丁惟宁扛不住了，他一病不起，只好向朝廷请假病归家医治疗养。
　　万历十四年丙戌（1586年），丁惟宁44岁，朝廷命他督饷陕西，他的病尚未完好，但仍强打精神，接受任命赴陕西。
　　很快，皇上又授丁惟宁为郧襄兵备副使。郧襄，广袤数千里，宗藩岳祠多无名，但都要设官管理，因而人员杂乱，人浮于事，浪费极大，人民怨声载道，纷纷请求，裁员缩减，加强管理。