郧阳巡抚李材命令丁惟宁去处理此事。丁惟宁得到上司的指派，遂依照民意，将其人浮于事者，节裁过半，安抚了民怨。
　　当时，郧阳巡抚李材，虽身居高职，却不务正业，他好讲学，想过过当老师的瘾，于是，就派遣手下的兵卒，给他当学生，他就煞有其事装神弄鬼，讲起学来。要讲学，没有像样的场所，他又挪用郧阳兵饷，改参将公署为讲学书院。同时，李材自己也生活奢侈，挥霍无度，驱使士兵如牲口。
　　参将米万春，也是不搞军事训练，整天欺压部下，毒打兵卒。
　　哪里有压迫，哪里就有反抗，终于，激起兵变。兵卒大噪，急趋军门，聚众造反，气势汹汹，乱兵冲向军门，围住抚院，一时，兵卒乱纷纷，声言要杀掉巡抚参将。
　　丁惟宁事前曾劝阻之，他谏曰：“讲学当在黉宫（学校），不然，即中丞署，署隘，相宜而恢之。郧兵素骄，必镇署，恐召侮也。”但李材不听。现在事发，李材慌了神，一时之间无了主意，急请参将米万春，商讨如何制止兵乱。参将米万春急忙推荐丁惟宁，说，只有让丁惟宁去处理，才能制止这场骚乱。
　　巡抚李材急请丁惟宁去安抚乱兵。
　　为稳定大局，丁惟宁临危不惧，大义凛然，单身一人，奔赴乱兵之营地，“驰往开谕”，乱兵一看当官的来了，乱中有人欲加刃杀害丁惟宁，认识丁惟宁的乱兵忙阻止，说：“这是丁公也！不是那些贪官杂种！”于是，丁惟宁趁势劝慰乱兵，他动之以情，晓之以理，苦口婆心，费尽口舌，经过两天的斗智斗勇，劝解安抚，总算制止了这场大乱。
　　可谁知巡抚李材不但不感恩加奖，反而在参将米万春的蛊惑下，嫁祸于人，他上疏朝廷，说是因丁惟宁而激起的兵变，将罪责全推给了丁惟宁。昏庸无能的明万历皇上，不辩黑白，竟将丁惟宁贬官三级，调湖广臬副（负责一省司法），后又补官凤翔，起副晋藩。
　　时万历十五年丁亥（1587年），丁惟宁45岁。
　　这年七月二十六日，丁惟宁的第三个儿子丁耀翼出生。
　　十一月，丁惟宁看到明末官场上的尔虞我诈，勾心斗角，遂心灰意冷，于是托病不就，退职还家，永不做官。
　　丁惟宁性节俭，不喜欢文绣珍玩，服浣布衣，出入轻车简从。他治家很严，经常召集家人开会议事，俨然如坐公庭。三次担任要职，但每次回家，随带行李，仅图书衣被而已，别无长物。他寡交游，这次以监察御史之身份告老还乡，仍不张扬，县令郡侯终年不得一面。
　　他辞官回家后，以前的下属派人送八百金给他，他大惊不受。公人说：这是按照官场上的惯例所送，你应该接受，否则，不利于后来者。丁惟宁说：我已辞官，回家务农，身无官职而受俸禄，这算怎么回事？不行！不行！你带回去吧，转告新任长官，将此款安置灾民吧。他坚辞不受。
　　万历十七年己丑（1589年），丁惟宁47岁，仪氏生丁惟宁的四子丁耀箕。
　　丁惟宁自盖草房，西园种韭数十畦，收割后除自食，也拿到市场上去卖数十文，用以自给。有人嘲笑他，你辞千金不受，而求利于几畦韭菜，有什么意思？他说：彼千斤官银，非吾所有，冒昧留下，于心何忍？吾圃蔬，乃自食其力，则心安理得！乡人皆叹服而敬之。
　　丁惟宁退归乡里后，“性好山水，游九仙山乐之”，经常去九仙山，有时一住就是多天，流连忘返。
　　万历二十三年乙未（1595年），丁惟宁53岁。新任诸城知县颜悦道到任。亲自登门拜访丁惟宁，寻求治理县政之道，看到丁惟宁的房子破败不堪，劝其翻修。
　　丁惟宁以朴素传家，虽做过高官，但仍耐得贫苦，安居草房。草房年久失修，不避风雨，不得已，只好翻盖居室。动工后，起堂稍高，已架上梁了，他看到了，心里不悦，马上同匠人商量，要再低一点，不要奢华，他说：“太豪华了，无示子孙侈也！”
　　万历二十六年戊戌（1598年），丁惟宁56岁。知县颜